《沉默》改編自著名日本作家遠藤周作的同名小說。故事發生在德川幕府時代禁教令下長崎附近的小村子，一個葡萄牙耶穌會的教士偷渡到日本傳教，并調查恩師因遭受「穴吊」酷刑而宣誓棄教一事，因為這事在當時歐洲人的眼中，不只是個人的挫折，同時也是整個歐洲信仰、思想的恥辱和失敗。在傳教與尋訪的過程中，信仰與反叛、圣潔與背德、強權與卑微、受難與恐懼、堅貞與隱忍、掙扎與超脫……所有的兩難情境都面臨了，逼迫著他對基督的信仰進行更深層且更現實的思索，最終，他彷佛也走過一趟恩師的心路歷程，擁有自己對信仰的詮釋與實踐。